Muhammadiyah memiliki banyak sekali perguruan tinggi, yaitu sekitar 172 PTMA, yang terdiri dari 84 Universitas, 28 Institut, 54 Sekolah tinggi, dan 6 Politeknik.
Di antara banyak PTMA tersebut, terdapat 7 Perguruan Tinggi terbaik dan telah terakreditasi Unggul dari BAN PT yaitu :
1. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY)
2. Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS)
3. Universitas Muhammadiyah Malang (UMM)
4. Universitas Ahmad Dahlan (UAD)
5. Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara (UMSU)
6. Universitas Muhammadiyah Purwokerto (UMP)
7. Universitas Muhammadiyah Prof Dr Hamka (UHAMKA)

Muhammadiyah diakui setelah sebelumnya PCIM AS mengajukan diri dengan nama Muhammadiyah USA Incorporated serta lisensi organisasi non profit dengan beberapa lini bisnis. Dengan pengakuan tersebut, PCIM AS berkomitmen untuk mengembangkan Muhammadiyah dan umat Islam secara umum di Amerika Serikat.